Todo comenzó en el año 1957, cuando la comunidad de San José festejó su centenario y se creó una comisión central para dicho homenaje, que tenía entre sus objetivos dar vida al Museo de la Colonia.

El 24 de octubre de 1957, a las 15 horas, se colocó la piedra fundacional de lo que luego sería la futura institución. Durante los meses previos, una comisión bautizada "Unión Padres de Familia" del colegio Niño Jesús empezó la campaña de recolectar los objetos más antiguos que tenían los pobladores, muchos de ellos de los primeros colonos.

Así se inaugura provisoriamente una muestra en un local ubicado sobre calle Mitre y cedido por la familia Bouvier, una de las más antiguas del lugar.

Cuarenta años más tarde, en 1997, la institución fue una de las ganadoras del concurso “Innovación en Museos” organizado por la Fundación YPF, lo cual le permitió concretar intercambios con otros importantes museos del mundo.

Entre estos aparecen el Elis Island, Museo de Inmigración de Estados Unidos, al tiempo que logran el apoyo del Smithsonian Institution, el cual, conjuntamente con la Fundación Antorchas, ofreció a veinticinco becarios, tanto del país como del extranjero, un seminario sobre Conservación y Exhibición de Colecciones Históricas.

El proyecto logró, con la ayuda de nuevos mentores, renovar el museo en su totalidad y mostrar “los objetos” de otra forma, ganando la atención del visitante a tal punto que visitar este lugar pasó a ser “un imperdible”.

La exposición “Nuestros abuelos, los pioneros – Colonos europeos en la costa del río Uruguay” fue inaugurada en octubre de 1999 e impacta al visitante desde su ingreso a la sala.

Hoy, y con las mismas ganas que al principio apuntadas a preservar el patrimonio histórico y cultural de la comunidad de la Colonia San José, se ha formado una comisión llamada “Amigos”, que está en permanente búsqueda de recursos.

Lo que comenzó como una búsqueda de objetos del pasado es hoy un viaje en el tiempo para entender cómo eran y pensaban los hombres en aquellos años, y luego volver inmediatamente a nuestro presente e indagarnos acerca de quiénes somos realmente.